Im März 2001 erkannte Deutschland die Cookinseln als selbstständigen Staat an; diplomatische Beziehungen zwischen beiden Ländern wurden am 11. September 2001 aufgenommen. Die für die Cookinseln zuständige deutsche Botschaft hat ihren Sitz in Wellington/Neuseeland. Im Land selbst ist die Bundesrepublik Deutschland durch einen Honorarkonsul in der Hauptstadt Avarua auf der Hauptinsel Rarotonga vertreten. In Deutschland ist die neuseeländische Botschaft in Berlin mit der Außenvertretung der Cookinseln betraut.

Premierminister Mark Brown nahm im Oktober 2023 an einer Konferenz zum Green Climate Fund in Bonn teil. Staatssekretärin und Sonderbeauftragte für internationale Klimapolitik im Auswärtigen Amt Jennifer Morgan besuchte die Cookinseln im Herbst 2023.

Deutschland unterstützt durch seine Beiträge zum „Neighbourhood, Development and International Cooperation Instrument“ (NDICI) der Europäischen Union (bis 2021: Europäischer Entwicklungsfonds (EEF)) und in bilateralen Projekten die Entwicklung der Cookinseln. Die bilateralen Wirtschaftsbeziehungen mit Deutschland sind gering ausgeprägt. Der Wert der Exporte aus Deutschland betrug im Jahr 2023 231.000 Euro; deutsche Importe beliefen sich auf 45.000 Euro (Quelle: DESTATIS). Haupthandelspartner der Cookinseln sind Neuseeland, China, Fidschi, die USA, Australien und Japan.